【리눅스】 리눅스 주요 트러블슈팅 [01-20]

리눅스 주요 트러블슈팅 [01-20]

 

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1. cannot execute binary file: Exec format error

⑴ 원인 1. OS의 64-bit / 32-bit 여부와 파일의 64-bit / 32-bit 여부가 다른 경우

① 해결방법 : 버전에 맞게 OS를 다시 설치

⑵ 원인 2. OS가 arm 기반인 경우

① M1 외에 arm 기반 대부분은 스마트폰에서 사용

② 대부분의 공개된 프로그램은 결국 amd 기반

③ 해결방법 : 일반 PC에서 amd 기반 OS를 운용하는 것을 추천

 

 

2. command not found

⑴ 원인 1. 환경설정에 파일의 위치가 들어있지 않은 경우

① 해결방법 1. 파일 자체의 절대 주소를 이용

② 해결방법 2. export 명령어를 이용

 

 

3. permission denied

⑴ 원인 1. chmod 설정

① change mode의 약자로 permission 관리

② 사용자 종류 : user (u), group (g), others (o)

③ 권한 종류 : read (r; 4), write (w; 2), execute (e; 1), rw- (4+2=6), r-x (4+1=5), rwx (4+2+1=7)

④ 방법 1. symbolic mode

○ 예 1. chmod u+x filename : user에게 execute 권한 부여

○ 예 2. chmod g-w filename : group에게 write 권한 제거

○ 예 3. chmod o=r filename : others의 권한을 read only로 설정 

⑤ 방법 2. numeric mode 

○ 예 1. chmod 755 filename : user에게 7, group에게 5, others에게 5의 권한 설정 

⑥ 응용 1. 디렉토리 전체의 permission 설정 

○ 예 1. chmod -R 755 directory_name : directory_name 전체에 755 권한 설정

⑵ 원인 2. 환경설정에 파일의 위치가 들어있지 않은 경우

① 해결방법 1. 파일 자체의 절대 주소를 이용

② 해결방법 2. export 명령어를 이용

 

 

4. packet_write_wait: Connection to 210.114.89.173 port 12604: Broken pipe

⑴ 원인 1. 서버가 일정 시간 작업이 없으면 소켓을 닫아 클라이언트가 연결할 수 없어서 에러가 발생 

① ServerAliveInterval을 설정함으로써 해결 

⑵ 원인 2. 서버가 잠깐 끊기거나 재부팅됐을 때 클라이언트가 연결이 끊겼다고 감지해서 에러가 발생

① 서버가 KeepAlipe 메시지를 보내지 않도록 함으로써 해결

⑶ 절차

 

# Step 1
nano ~/.ssh/config

# Step 2
Host *
ServerAliveInterval 120
TCPKeepAlive no

# Step 3
^O

 

⑷ 레퍼런스 

Broken Pipe 문제 해결

 

 

5. ERROR: There were no reads to process. Please check whether the read lengths in the input fastqs satisfy the minumum read length requirements for the chemistry.

⑴ 문제 상황 : Space Ranger를 실행 시 위와 같은 문제를 발견할 수 있음 

⑵ 원인 1. typo : fastq 이름에 오류가 있는 경우

⑶ 원인 2. 예상되는 R1 length보다 더 짧은 경우

⑷ 10x Genomics 레퍼런스 

 

 

6. [Directory] has only 43264kB remaining space available. To ignore this error, set MRO_DISK_SPACE_CHECK=disable in your environment.

⑴ 문제상황 : Space Ranger 등 Linux/CPU 기반 파이프라인을 돌리던 상황 (ref)

⑵ 단기적 해결방안 : export MRO_DISK_SPACE_CHECK=disable

⑶ 장기적 해결방안 : 디스크 용량 확보

 

입력: 2023.10.19 23:29

수정: 2024.02.21 15:08