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【생물정보학】 생물도감 생물도감 추천글 : 【생물정보학】 생물 라이브러리 1. 동물 [본문] 2. 식물 [본문] 3. 균계 [본문] 1. 동물 [목차] ○ 금파리는 16 km 내에 있는 시체 냄새를 맡을 수 있음 ○ 유럽뽕나무명나방 : 옥수수가 주식인 나방 ○ 이빨고래류 가운데 가장 큰 것은 향유고래 ○ 멍게는 자신의 뇌를 먹음 ○ glass sponge : 수명 15,000년 ○ 대양백합조개 : 수명 507년 ○ 그린란드 상어 : 수명 400년 ○ 북극고래 : 수명 268년 ○ Lamellibrachia Luymesi : 수명 250 ○ 코이피쉬 : 수명 226년 ○ 한볼락 : 수명 205년 ○ Cymbulia peronii : 피부로 호흡하는 거의 투명한 해양동물 ○ 아르마딜로와 천산갑은 유일하게 등껍질을 가진 포유동물 ○..
【생물정보학】 Seurat와 scanpy의 비교 Seurat와 scanpy의 비교 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 1. 일반적인 Seurat 데이터 입력 [본문] 2. 일반적인 scanpy 데이터 입력 [본문] 1. 일반적인 Seurat의 데이터 입력 [목차] ⑴ 경우 1. .h5 파일이 있는 경우 library(dplyr) library(Seurat) pbmc.data
【생물정보학】 질환 (병리) 라이브러리 질환 (병리) 라이브러리(disease library) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 a. 약리학 b. 화합물 라이브러리 c. 약물 클래스 라이브러리 1. 개요 ○ AD(Alzheimer's disease) ○ (-) NEUROD6 ○ ccRCC(clear cell renal cell carcinoma) ○ RCC(renal cell carcinoma)의 70-80% 차지 ○ NAFLD : 전체 성인 인구의 약 25%에 영향. 미국 성인 인구의 40%에 영향 ○ NASH : NAFLD 중 20 ~ 30%가 발전 ○ 헤라클래스 증후군(Hercules syndrome) ○ 미오스타틴 결핍으로 인해 과도한 골격근 발달. 내장근은 정상. 인대, 건, 신장 등에 쉽게 무리를 줄 수 있음 ○ 미오스..
【생물정보학】 NicheNet 이해하기 NicheNet 이해하기 추천글 : 【생물정보학】 리간드-수용체 상호작용 분석 1. 개요 [본문] 2. 데이터셋 [본문] 3. 알고리즘 [본문] 4. 결론 [본문] 1. 개요 [목차] ⑴ 경로 활성화를 식별하고 관련된 잠재적인 리간드를 강조하는 툴 ⑵ 즉, 특정 DEG가 있을 때 어떤 cell 혹은 어떤 ligand가 관련 있는지 구하는 것 ⑶ 모식도 : 여러 데이터셋을 그래프 구조로 이어서 분석 Figure. 1. NicheNet 모식도 ⑷ 코드 : https://github.com/saeyslab/nichenetr 2. 데이터셋 [목차] ⑴ 종합 ① cpdb ○ cpdb_interaction : Kamburov et al. (2013) ○ cpdb_complex : Kamburov et al. (20..