【생물학】 생물학 노트

생물학 노트

 

추천글 : 【생물학】 생물학 목차

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1. IHC용 항체 조사

⑴ IF : cultured cell에서 staining용

⑵ IHC-Fr : frozen tissue에 대한 IHC

⑶ IHC-P : paraffin tissue에 대한 IHC

 

 

2. 환경오염과 생물

○ 개구리는 수질오염에 대한 경보 신호를 제공

○ 카나리아는 석탄광의 일산화탄소에 대한 경보 신호를 제공

○ 농약에 있는 아트라진(제초제)은 아로마타아제를 활성화시키는 내분비 교란 물질

○ 살균제나 제초제는 안드로겐 수용체 봉쇄 내분비 교란물질 : 생쥐의 잠복 고환증 야기

○ 다염소비페닐(PCB) : 전기기구, 플라스틱, 페인트 등에 많음. 저체중 출산, 조산과 유관

 

 

3. 기형 유발원(teratogen)

○ DES(diethylstilbestrol) : 합성 에스트로겐. 1941-71년, 유산 방지 약물, 임신 10주 이전에 복용하면 여아의 질암, 자궁암 증가, 생식기 기형, 면역계 이상 초래

○ 알코올 : 일반적인 기형 형성 물질로 태아 알코올 중독이 1/1000 빈도로 최다. 정신지체, 생장지연, 시력 약화, 소두, narrow eye slit, 낮은 콧대, 심장 및 장기 결함, 사지 및 생식기 비정형, 학습 부진, 행동 이상, 신경 과민, 주의력 결핍 장애

○ 흡연 : 체중 미달, 심장 이상, 무뇌증, 높은 태아 및 영아 사망률, 언청이, 장기 이상

○ 방사선 : X선, 라듐 등. 소두증, 정신지체, 골격 이상 등. 특히 임신 1기에 진단용 X선을 조심할 것

○ 탈리도마이드(thalidomide) : 1960년대 사용된 입덧 진정제, 사지 발달장애 (무지증, 단지증)

○ 코카인 : 체중 미달, 생장 지연, 주의 집중 장애, 시각 장애, 과민성, 호흡 장애, 유아 사망, 장기 기형, 심장 마비, 발작, 과용할 경우 자연 유산, 미숙아 출산, 사산

○ 레티놀 산 : 축 형성 영향 물질

○ 13-시스 레티놀 : 낭포성 피부질환 치료제, 기형아 출산

 

 

4. 환경호르몬 발생원

○ 비스페놀A : 합성수지 원료, 식품과 음료 캔의 내부 코팅

○ 프탈레이트 : 인공피혁, 식품 포장재

○ DDT : 농약, 합성 살충제

○ 다이옥신 : 쓰레기 소각, 염소 표백 및 살균 과정

○ 스티렌이성체 : 각종 식품용기

○ 알킬페놀 : 합성세제, 샴푸, 형광표백제

○ 트리부틸주석 : 선박용 페인트

 

 

5. 난소 낭종 파열

○ 난소 낭종 파열은 성관계로 인한 심한 출혈이 주요 원인 

 

 

6. 바이오마커

 

1. B2M mutations (rare)
1. Association : -
2. phase III validation : TBD
3. predictive
4. melanoma
5. biomarker assessment : tumour tissue or blood
6. NGS WES or targeted gene panel sequencing
2. Copy number variation
1. Association : -
2. phase III validation : TBD
3. prognostic, predictive
4. multiple cancer types
5. biomarker assessment : tumour tissue
6. NGS WES or targeted gene panel sequencing
3. Gut microbial diversity
1. Association : +
2. phase III validation : TBD
3. predictive
4. melanoma
5. biomarker assessment : Oral or gut
6. PCR or NGS
4. HLA class I diversity
1. Association : +
2. phase III validation : TBD
3. predictive
4. melanoma and NSCLC
5. biomarker assessment : blood
6. NGS WES or PCR-based typing
5. JAK2 mutations (rare)
1. Association : -
2. phase III validation : TBD
3. predictive
4. melanoma
5. biomarker assessment : tumour tissue or blood
6. NGS WES or targeted gene panel sequencing
6. LOH at HLA class I alleles
1. Association : -
2. phase III validation : TBD
3. predictive
4. melanoma
5. biomarker assessment : tumour tissue
6. TBD
7. Mutations in the β-catenin pathway
1. Association : -
2. phase III validation : TBD
3. predictive
4. melanoma
5. biomarker assessment : tumour tissue or blood
6. NGS WES, targeted gene panel sequencing or RNA-seq
8. PDL1
1. Association : +
2. phase III validation : Y
3. predictive
4. multiple cancer type
5. biomarker assessment : tumour tissue
6. immunohistochemistry
9. SERPINB3 or SERPINB4 mutations
1. Association : +
2. phase III validation : TBD
3. predictive
4. melanoma
5. biomarker assessment : tumour tissue
6. NGS WES
10. Specific gut microbial species
1. Association : + or -
2. phase III validation : TBD
3. predictive
4. melanoma
5. biomarker assessment : oral or gut
6. PCR or NGS
11. STK11 mutation (common)
1. Association : -
2. phase III validation : TBD
3. predictive
4. NSCLC
5. biomarker assessment : tumour tissue or blood
6. NGS WES or targeted gene panel sequencing
12. T cell-inflamed microenvironment
1. Association : +
2. phase III validation : TBD
3. prognostic, predictive
4. mutiple cancer types
5. biomarker assessment : tumour tissue
6. NGS RNA-seq or immunostaining
13. T cell repertoire clonality change 
1. Association : +
2. phase III validaiton : TBD
3. predictive
4. melanoma
5. biomarker assessment : tumour tissue or blood
6. TBD
14. TGFβ expression
1. Association : -
2. phase III validation : TBD
3. predictive
4. colon cancer and urothelial cancer
5. biomarker assessment : tumour tissue
6. NGS RNA-seq or expression panel
15. Tumour mutation burden 
1. Association : +
2. phase III validation : Y
3. predictive
4. multiple cancer type
5. biomarker assessment : blood or tumour tissue
6. NGS WES or targeted gene panel sequencing

 

7. 시퀀싱 관련

○ Gene Expression은 Agilent 44 K mircroarray를 통해 확인

○ DNA copy number는 Affymetrix 250 K Sty와 SNP6 microarray를 통해 확인

○ DNA 메틸화는 MSNP microarray assay를 통해 확인

○ EGFR, KRAS, STK11, TP53은 ABI sequencer에 의해 절단

 

 

8. 빅파마 관련

○ antiamyloid에서 아두카누맙은 이미 안중에 없음

○ antiamyloid에서 후속으로 가장 빠른 donanemab, gantenerumab이 메이저

○ autoimmune 등 anti-inflammatory 쪽이 매출 높은 '스테디셀러'가 독점적 권한 형태로 오래 감

○ KRAS가 본격적으로 등장 

○ ATTR amyloidosis에서 Tafamidis 이후 경쟁 약물이 best-in-class를 두고 달려드는 게 많아짐

 

 

9. 소변색으로 보는 건강 위험 신호

○ 노란색 : 정상 

○ 하얀색 : 신장결석, 염증 

○ 녹색 : 세균감염 

○ 푸른색 : 고칼슘혈증 

○ 붉은색 : 신장질환, 요로감염 

○ 갈색 : 간질환, 심한 탈수, 횡문근융해증 

○ 주황색 : 간이나 담즙 이상

○ 거품 : 신장 이상, 단백뇨 

 

 

10. gene expression regulation mechanism 

○ regulation of transcription initiation frequency

○ regulation of transcription elongation

○ alternative transcriptional initiation (ATI)

○ alternative splicing (AS)

○ alternative polyadenylation (APA)

○ RNA degradation by RNA Interference (RNAi)

○ interference of RNAi by long noncoding RNA (lncRNA)

○ translation initiation regulation

○ chromosome remodeling and epigenetic regulation

 

 

11. 마이크로바이옴

○ pOXA-48 plasmid : carbapenemase를 합성하여 베타 락탐 계열 항생제인 carbapenem에 저항성을 부여

 

 

12. 신호전달 경로와 관련 유전자

○ nuclear hormone receptor : NHR 

○ Jak-Stat : STAT

○ Wnt : TCF/Lef

○ Hedgehog : Gli 

○ TCF-β/BMP : Smad

○ MAPK : ETS

○ Notch : CSL

 

 

13. Weintraub origins 

○ Haroid Weintraub and colleagues hinted that more direct routes to lineage specification were possible. They demonstrated that the expression of a single transcription factor, MyoD, is sufficient to convert fibroblast cells and numerous other cell types into skeletal muscle cells, completely bypassing normal developmental lineage progression in 1989.

○ Yamanaka factors in 2006 allowed creation of iPSCs which indirectly allowed this change between cell types, but issues like low yield and low reliability persist.

 

입력 : 2022.06.06 19:23

수정: 2023.06.07 13:28