▶ 자연과학/▷ 생물정보학 썸네일형 리스트형 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 생물정보학 분석 목차 추천글 : 【생물학】 생물정보학, 【알고리즘】 알고리즘 목차최근 수정 내역adaptor trimming (25.02.08)SALMON 프로토콜 (25.02.04)SJ.out.tab 파일 (25.02.03)생물정보학 현업 재직 및 해외박사 유학 경험을 바탕으로 작성한 글입니다. Ⅰ. 배경이론생물정보학시퀀싱 기술Kaplan-Meier 생존 곡선 Ⅱ. 사전 준비선형대수학통계학알고리즘빅데이터분석기사컴퓨터과학C 목차 C++ 목차Java 목차Python 목차RStudio 목차리눅스 서버윈도우 서버 NASMinIO 도커(docker) Ⅲ. 데이터 획득 및 가공생물정보학 데이터 형식 이해하기RNA 시퀀싱 quality control (QC)HDF 파일과 filtered_feature_bc.. 【생물정보학】 TransPhylo의 이해 TransPhylo의 이해 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 1. 개요 [본문]2. 역학 모델링 [본문]3. 종결된 전염병 시나리오 [본문]4. 진행중인 전염병 시나리오 [본문]5. 최종 추론 [본문] 1. 개요 [목차]⑴ 의의 : 부분적인 샘플링(partial sampling) 및 계속 진행중인 상태를 위한 역학 모델 (ref1, ref2)⑵ 추론 전략 : 먼저 phylogenetic tree P를 계산하고, 그 뒤 T, θ, Neg를 추론하는 전략① T : transmission tree ② θ : transmission tree와 샘플링 모델을 나타내는 파라미터 집합을 통틀어 이름 ③ Neg : 숙주 내 병원체의 유전적 다양성. 감염 과정에서 이 다양성은 없어진다고 가정 ⑶ Bayes'.. 【생물정보학】 리눅스 프로그래밍(bash programming) 리눅스 프로그래밍(bash programming) 추천글 : 【운영체제】 리눅스(Linux) 1. 문법 [본문]2. 생물정보학 예제 [본문] 1. 문법 [목차]⑴ 변수(variable)① 개요 : 긴 string을 나타내거나 loop와 같은 bash programming에 유용함② 변수 지정 : $ 기호를 사용 i="Hello World!"echo $i ③ 모호함을 줄이기 위해 중괄호를 사용할 수 있음 i="a"i¡="b"echo $ii (will give b)echo ${i}i (will give ai) ⑵ for 루프 for varname in list:do command1 command2 ..done 2. 생물정보학 예시 [목차]⑴ wc -l filename ① 해석 : 라.. 【생물정보학】 후성유전학 라이브러리 후성유전학 라이브러리(epigenetics library) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 1. 히스톤 수식 [본문]2. CNV [본문]a. 후성유전체 시퀀싱 1. 히스톤 수식 [목차]○ 개요○ 히스톤 중 H3가 가장 수식이 많이 일어날 수 있음 : H2A, H2B는 훨씬 드물게 수식됨○ 히스톤 수식은 히스톤 꼬리에서 일어남 Figure. 1. 히스톤 수식 위치 ○ 후성유전학 지도 (feat. abcam) (PDF)○ H2AK119Ub○ DDR(DNA damage response)과 관련○ H2BK5me1 ○ 유전자의 전사를 활성화 ○ H2BK5me3○ 유전자의 전사를 억제 ○ H3K4me1○ enhancer와 promoter : 유전자의 전사를 활성화 ○ H3K4me2 ○ H3K4me3.. 【생물정보학】 전사체 분석 파이프라인(Transcriptomics Pipeline) 전사체 분석 파이프라인(Transcriptomics Pipeline) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차1. QC 1. 조직 QC [본문]2. QC 2. 데이터 QC [본문]3. QC 3. filtering [본문]4. QC 4. alignment [본문]5. QC 5. 정규화 [본문]6. QC 6. 배치효과 [본문]7. 공통 1. 클러스터링 [본문]8. 공통 2. DEG 분석 [본문]9. 공통 3. 유전자 집단 분석 [본문]10. 공통 4. 유전자 상호작용 분석 [본문]11. 공통 5. 셀 타입 분석 [본문]12. 심화 1. AS 분석 [본문]13. 심화 2. 경로 분석 [본문]14. 심화 3. 후성유전체 분석 [본문]15. 심화 4. 특수전사체 분석 [본문]16. 심화 5. 데이터베이스 활.. 【생물정보학】 생물 라이브러리 생물 라이브러리(Organism Library) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차일부 포스팅은 비공개로 설정해 두었습니다. 응용미생물주요 미생물의 예세포주 라이브러리 모델 생물 라이브러리생물도감화생방 생물학 무기 입력: 2023.12.11 14:20 【생물정보학】 HDF 파일과 filtered_feature_bc_matrix.h5 HDF 파일과 filtered_feature_bc_matrix.h5 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 1. HDF 파일 [본문]2. filtered_feature_bc_matrix.h5 [본문] 1. HDF 파일(hierarchical data format files) [목차]⑴ 개요① 대용량 파일을 용량 제한 없이 쉽고 빠르게 입출력하기 위해 사용됨 ② environment와 무관하게 파일 교환되는 방식 중 하나 ③ aerospace, physics, engineering, finance, academic research, genomics, astronomy, electronics, medicine 등에서 사용④ HDF4 파일 (.h4)과 HDF5 파일 (.h5)이 많이 쓰임⑵ Python.. 【생물정보학】 생물정보학 데이터 형식 이해하기 생물정보학 데이터 형식 이해하기 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차1. FASTQ 파일 [본문]2. FASTA 파일 [본문]3. GFF 파일 [본문]4. GTF 파일 [본문]5. SAM 파일 [본문]6. BAM 파일 [본문]7. BED 파일 [본문]8. Loom 파일 [본문]9. VCF 파일 [본문]10. 기타 파일 [본문] 1. FASTQ(fast-Q) [목차] @SEQ_IDGATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT+!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65 ⑴ 샘플의 시퀀스 정보를 저장 ⑵ 첫 번째 행 : SEQ_ID, 즉 @ + 시퀀스 식별자(sequence.. 이전 1 2 3 4 다음
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