▶ 자연과학/▷ 생물정보학 썸네일형 리스트형 【생물정보학】 COMMOT의 이해 COMMOT의 이해 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 1. 개요 [본문]2. 이론 [본문]3. 결과 [본문]4. 논의 [본문]Cang, Z. et al. (2023). Nature methods, 20(2), 218-228. (ref) 1. 개요 [목차]⑴ CCC(cell-cell communication)① 생물학적 이질성의 이해에 중요 : 세포 운명 결정, 세포 분화 패턴, 병리 기전 연구 ② 다양한 형태 : 리간드-수용체 상호작용, 세포-세포 상호작용, 기관 수준의 상호작용 (예 : 인슐린), 개체 수준의 상호작용 (예 : 페로몬)③ 임상적 바이오마커 : ICI(immune-checkpoint inhibitor), 조직 재생 연구 ○ 예시 : APAP로 유발된 AKI(acute li.. 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 생물정보학 분석 목차 추천글 : 【생물학】 생물정보학, 【알고리즘】 알고리즘 목차최근 수정 내역유전자명을 아미노산 서열로 바꾸는 함수 (25.04.17)유전자 발현 조절 요소에 따른 히스톤 수식 조합 (25.04.09)GSEA 파이썬 코드 (25.04.08)생물정보학 현업 재직 및 해외박사 유학 경험을 바탕으로 작성한 글입니다. Ⅰ. 배경이론생물정보학시퀀싱 기술Kaplan-Meier 생존 곡선 Ⅱ. 사전 준비선형대수학통계학알고리즘빅데이터분석기사컴퓨터과학C 목차 C++ 목차Java 목차Python 목차RStudio 목차리눅스 서버윈도우 서버 NASMinIO 도커(docker) Ⅲ. 데이터 획득 및 가공생물정보학 데이터 형식 이해하기RNA 시퀀싱 quality control (QC)HDF 파일과 f.. 【생물정보학】 생물정보학 부록 생물정보학 부록 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 1. 생물정보학 컨소시엄 [본문]2. 데이터 증가 속도 [본문]3. 시퀀싱 기술 처리량 [본문] 1. 생물정보학 컨소시엄 [목차]⑴ 게놈 프로젝트(genome project)① 1990년 왓슨 및 Francis Collins가 지휘하면서 시작 : 6개국 연합의 15년 과제로 출범② 350여 연구기관 공동 연구 ○ 2000년 6월 84.5% 완성, 초안 발표 ○ 2003년 4월 15일 99.99% 정확도의 완결편 발표 ○ 2,800명 이상의 연구자가 13년간 참여하였으며 $2.7 billion이 소요됨 ③ 인간유전체 연구의 부수효과○ 생물정보학의 탄생○ 인체 단백질 생산 공정의 개발을 촉진○ 인슐린(insulin) : 최초로 서열이 결정된 단백.. 【생물정보학】 TransPhylo의 이해 TransPhylo의 이해 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 1. 개요 [본문]2. 역학 모델링 [본문]3. 종결된 전염병 시나리오 [본문]4. 진행중인 전염병 시나리오 [본문]5. 최종 추론 [본문] 1. 개요 [목차]⑴ 의의 : 부분적인 샘플링(partial sampling) 및 계속 진행중인 상태를 위한 역학 모델 (ref1, ref2)⑵ 추론 전략 : 먼저 phylogenetic tree P를 계산하고, 그 뒤 T, θ, Neg를 추론하는 전략① T : transmission tree ② θ : transmission tree와 샘플링 모델을 나타내는 파라미터 집합을 통틀어 이름 ③ Neg : 숙주 내 병원체의 유전적 다양성. 감염 과정에서 이 다양성은 없어진다고 가정 ⑶ Bayes'.. 【생물정보학】 리눅스 프로그래밍(bash programming) 리눅스 프로그래밍(bash programming) 추천글 : 【운영체제】 리눅스(Linux) 1. 문법 [본문]2. 생물정보학 예제 [본문] 1. 문법 [목차]⑴ 변수(variable)① 개요 : 긴 string을 나타내거나 loop와 같은 bash programming에 유용함② 변수 지정 : $ 기호를 사용 i="Hello World!"echo $i ③ 모호함을 줄이기 위해 중괄호를 사용할 수 있음 i="a"i¡="b"echo $ii (will give b)echo ${i}i (will give ai) ⑵ for 루프 for varname in list:do command1 command2 ..done 2. 생물정보학 예시 [목차]⑴ wc -l filename ① 해석 : 라.. 【생물정보학】 후성유전학 라이브러리 후성유전학 라이브러리(epigenetics library) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 1. 히스톤 수식 [본문]2. CNV [본문]a. 후성유전체 시퀀싱 1. 히스톤 수식 [목차]○ 개요○ 히스톤 중 H3가 가장 수식이 많이 일어날 수 있음 : H2A, H2B는 훨씬 드물게 수식됨○ 히스톤 수식은 히스톤 꼬리에서 일어남 Figure. 1. 히스톤 수식 위치 ○ 후성유전학 지도 (feat. abcam) (PDF)○ 유전자 발현 조절 요소에 따른 히스톤 수식 조합 Figure. 2. 유전자 발현 조절 요소에 따른 히스톤 수식 조합 ○ H2AK119Ub○ DDR(DNA damage response)과 관련○ H2BK5me1 ○ 유전자의 전사를 활성화 ○ H2BK5me3○ 유전자의 전사를 .. 【생물정보학】 전사체 분석 파이프라인(Transcriptomics Pipeline) 전사체 분석 파이프라인(Transcriptomics Pipeline) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차1. QC 1. 실험 QC [본문]2. QC 2. 데이터 QC [본문]3. QC 3. filtering [본문]4. QC 4. alignment [본문]5. QC 5. 정규화 [본문]6. QC 6. 배치효과 [본문]7. 공통 1. 클러스터링 [본문]8. 공통 2. DEG 분석 [본문]9. 공통 3. 유전자 집단 분석 [본문]10. 공통 4. 유전자 상호작용 분석 [본문]11. 공통 5. 셀 타입 분석 [본문]12. 심화 1. AS 분석 [본문]13. 심화 2. 경로 분석 [본문]14. 심화 3. 후성유전체 분석 [본문]15. 심화 4. 특수전사체 분석 [본문]16. 심화 5. 데이터베이스 활.. 【생물정보학】 생물 라이브러리 생물 라이브러리(Organism Library) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차일부 포스팅은 비공개로 설정해 두었습니다. 응용미생물주요 미생물의 예세포주 라이브러리 모델 생물 라이브러리생물도감화생방 생물학 무기 입력: 2023.12.11 14:20 이전 1 2 3 4 다음
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