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【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 생물정보학 분석 목차 추천글 : 【생물학】 생물정보학, 【알고리즘】 알고리즘 목차 최근 수정 내역 셀 타입 파운데이션 모델 (24.04.23) VGG16, ResNet50, InceptionV3 (24.04.16) Kaplan-Meier Survival Analysis 파이썬 코드 (24.04.13) 4년간 생물정보학 현업에 재직해 왔던 경험을 바탕으로 작성한 글입니다. Ⅰ. 배경이론 생물정보학 Kaplan-Meier 생존 곡선 Ⅱ. 사전 준비 통계학 알고리즘 빅데이터분석기사 컴퓨터과학 C 목차 C++ 목차 Java 목차 Python 목차 RStudio 목차 리눅스 서버 윈도우 서버 NAS MinIO 도커(docker) Ⅲ. 데이터 획득 및 가공 FASTQ, FASTA, GTF, GFF, BAM, SAM..
【생물정보학】 후성유전학 라이브러리 후성유전학 라이브러리(epigenetics library) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 a. 후성유전체 시퀀싱 1. 개요 ○ H3K27me3 : DDR(DNA damage response)과 관련 ○ H2AK119Ub : DDR(DNA damage response)과 관련 ○ Mecp2 : exclusive reader of non-CpG methylation 입력: 2024.01.07 01:24
【생물정보학】 전사체 분석 파이프라인(Transcriptomics Pipeline) 전사체 분석 파이프라인(Transcriptomics Pipeline) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차1. QC 1. 조직 QC [본문]2. QC 2. 데이터 QC [본문]3. QC 3. filtering [본문]4. QC 4. alignment [본문]5. QC 5. 정규화 [본문]6. QC 6. 배치효과 [본문]7. 공통 1. 클러스터링 [본문]8. 공통 2. DEG 분석 [본문]9. 공통 3. 유전자 집단 분석 [본문]10. 공통 4. 유전자 상호작용 분석 [본문]11. 공통 5. 셀 타입 분석 [본문]12. 심화 1. AS 분석 [본문]13. 심화 2. 후성유전체 분석 [본문]14. 심화 3. 특수전사체 분석 [본문]15. 심화 4. 데이터베이스 활용 ..
【생물정보학】 생물 라이브러리 생물 라이브러리(Organism Library) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 응용미생물 주요 미생물의 예 세포주 라이브러리 모델 생물 라이브러리 생물도감 화생방 생물학 무기 입력: 2023.12.11 14:20
【생물정보학】 HDF 파일과 filtered_feature_bc_matrix.h5 HDF 파일과 filtered_feature_bc_matrix.h5 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 1. HDF 파일 [본문] 2. filtered_feature_bc_matrix.h5 [본문] 1. HDF 파일(hierarchical data format files) [목차] ⑴ 개요 ① 대용량 파일을 용량 제한 없이 쉽고 빠르게 입출력하기 위해 사용됨 ② environment와 무관하게 파일 교환되는 방식 중 하나 ③ aerospace, physics, engineering, finance, academic research, genomics, astronomy, electronics, medicine 등에서 사용 ④ HDF4 파일 (.h4)과 HDF5 파일 (.h5)이 많이 쓰임 ⑵ P..
【생물정보학】 FASTQ, FASTA, GTF, GFF, BAM, SAM, Loom 파일 이해하기 FASTQ, FASTA, GTF, GFF, BAM, SAM, Loom 파일 이해하기 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 1. FASTQ 파일 [본문] 2. FASTA 파일 [본문] 3. GTF 파일 [본문] 4. GFF 파일 [본문] 5. BAM 파일 [본문] 6. SAM 파일 [본문] 7. Loom 파일 [본문] 1. FASTQ(fast-Q) [목차] @SEQ_ID GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT + !''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65 ⑴ 샘플의 시퀀스 정보를 저장 ⑵ 첫 번째 행 : SEQ_ID, 즉 @ + 시퀀스 식별자(sequence id..
【생물정보학】 셀 타입 마커 유전자 셀 타입 마커 유전자(cell type marker genes) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 1. 개요 [본문] 2. 유형 1. 상피세포 [본문] 3. 유형 2. 내피세포 [본문] 4. 유형 3. 면역세포 [본문] 5. 유형 4. 기질세포 [본문] 5. 유형 5. 기타 [본문] a. 유전자 라이브러리 b. 유전자 스코어 라이브러리 c. 리간드-수용체 상호작용 데이터베이스 1. 개요 [목차] ⑴ 인간의 몸은 400 종류 이상의 세포로 구성 ⑵ 유전자를 지칭할 때는 이탤릭체로 표현하고, 유전자의 단백질 산물을 표현할 때에는 정자체로 표현함 ① 단, 여기에서는 정자체로 통일하기로 함 ⑶ Homo sapiens (human) ① 유전자는 전부 대문자 ② GRCh38 레퍼런스 기준 36601개 ..
【생물정보학】 RNA 시퀀싱 quality control (QC) RNA 시퀀싱 quality control (QC) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 1. 조직 QC [본문] 2. 데이터 QC [본문] 3. 트러블슈팅 [본문] a. 게놈 프로젝트와 시퀀싱 기술 b. 전사체 분석 파이프라인 1. 조직 QC(quality control) [목차] ⑴ 정의 : 조직의 품질을 평가하는 척도 ⑵ 종류 1. RIN (RNA integrity number) ① Agilent 2100 Bioanalyzer에 의해 측정됨 ② RIN = 10 : 온전한 RNA ③ RIN = 1 : 완전히 degradation이 된 RNA ④ RIN > 7 : 일반적으로 RNA-seq을 하기 적합한 퀄리티 수준 ⑶ 종류 2. DV200 : FFPE 조직의 경우 RNA가 끊어져 있어서, 20..

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