본문 바로가기

▶ 자연과학/▷ 생물정보학

【생물정보학】 리간드-수용체 상호작용 분석 리간드-수용체 상호작용 분석(ligand-receptor interaction analysis; 세포-세포 상호작용, cell-cell interaction, CCI) 추천글 : 【생물학】 생물정보학 분석 목차 1. 알고리즘 및 데이터베이스 [본문]2. 리간드-수용체 라이브러리 [본문]a. 유전자 라이브러리b. 유전자 스코어 라이브러리c. 셀 타입 마커 유전자 1. 알고리즘 및 데이터베이스 [목차]① LR 상호작용 스코어 (ref)  ② bulk RNA-seq 기반 ○ BulkSignalR ○ squidy○ IPA (upstream regulator analysis of ingenuity pathway analysis)○ Omnipath : 특정 유전자가 포함된 모든 ligand-receptor pair..
【생물정보학】 세포주 (셀라인) 라이브러리 세포주 라이브러리(cell line library) 추천글 : 【생물정보학】 생물 라이브러리 1. 총론 [본문]2. 각론 [본문] 1. 총론 [목차]○ 기타 부족한 정보는 수십억 개의 논문을 큐레이션 한 https://typeset.io/, https://www.scinapse.io/를 참고할 수 있음○ CCLE (Cancer Cell Line Encyclopedia) (ref, file, DEGs)  ">  2. 각론 [목차]○ 4T1 ○ 반감기 12.6시간○ Balb/c 마우스 삼중음성유방암(TNBC) 조직으로부터 유래 ○ A549○ 폐암을 가진 58세 백인 남성의 폐 조직에서 유래○ B16F10○ 색소성 흑색종(pigmented melanoma) 모델○ 면역세포가 적은 cold ..
【생물정보학】 생물도감 생물도감 추천글 : 【생물정보학】 생물 라이브러리 1. 동물 [본문]2. 식물 [본문]3. 균계 [본문] 1. 동물 [목차]○ 금파리는 16 km 내에 있는 시체 냄새를 맡을 수 있음○ 유럽뽕나무명나방 : 옥수수가 주식인 나방○ 고래 ○ 이빨고래류 가운데 가장 큰 것은 향유고래 ○ 고래 낙하 : 죽은 고래가 심해로 떨어져 소멸하는 것 ○ 멍게는 자신의 뇌를 먹음○ glass sponge : 수명 15,000년 ○ 대양백합조개 : 수명 507년 ○ 그린란드 상어 : 수명 400년○ 북극고래 : 수명 268년○ Lamellibrachia Luymesi : 수명 250○ 코이피쉬 : 수명 226년 ○ 한볼락 : 수명 205년○ Cymbulia peronii : 피부로 호흡하는 거의 투명한 해양동물○ 아르마딜로..
【생물정보학】 Seurat와 scanpy의 비교 Seurat와 scanpy의 비교 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 1. 일반적인 Seurat 데이터 입력 [본문] 2. 일반적인 scanpy 데이터 입력 [본문] 1. 일반적인 Seurat의 데이터 입력 [목차] ⑴ 경우 1. .h5 파일이 있는 경우 library(dplyr) library(Seurat) pbmc.data
【생물정보학】 질환 (병리) 라이브러리 질환 (병리) 라이브러리(disease library) 추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 1. 개요 [본문]2. 암 질환 [본문] 3. 장기별 기능성 질환 [본문]4. 면역계 질환 [본문]a. 약리학b. 화합물 라이브러리c. 약물 클래스 라이브러리 1. 개요 [목차]⑴ 분류 1. 암 질환⑵ 분류 2. 장기별 기능성 질환 ① 2-1. 호흡계 질환 ② 2-2. 대사성 질환○ 심혈관 질환○ 장질환○ 간질환○ 당뇨 질환 ○ 신장 질환③ 2-3. 피부 질환○ liver fibrosis○ lung fibrosis○ idiopathic pulmonary fibrosis○ scleroderma④ 2-4. 신경 퇴행성 질환○ 뇌질환○ 신경질환⑶ 분류 3. 면역계 질환 ① 3-1. 감염성 질환 : 바이러스성 ..
【생물정보학】 NicheNet 이해하기 NicheNet 이해하기 추천글 : 【생물정보학】 리간드-수용체 상호작용 분석 1. 개요 [본문] 2. 데이터셋 [본문] 3. 알고리즘 [본문] 4. 결론 [본문] 1. 개요 [목차] ⑴ 경로 활성화를 식별하고 관련된 잠재적인 리간드를 강조하는 툴 ⑵ 즉, 특정 DEG가 있을 때 어떤 cell 혹은 어떤 ligand가 관련 있는지 구하는 것 ⑶ 모식도 : 여러 데이터셋을 그래프 구조로 이어서 분석 Figure. 1. NicheNet 모식도 ⑷ 코드 : https://github.com/saeyslab/nichenetr 2. 데이터셋 [목차] ⑴ 종합 ① cpdb ○ cpdb_interaction : Kamburov et al. (2013) ○ cpdb_complex : Kamburov et al. (20..

티스토리툴바