【생물정보학】 생물정보학 분석 목차

생물정보학 분석 목차

 

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최근 수정 내역

Tahoe-x1의 이해 (26.04.08)

► 생물정보학과 피지컬 AI (26.04.04)

CalicoST의 이해 (26.03.30)

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생물정보학 현업 재직 및 해외박사 유학 경험을 바탕으로 작성한 글입니다.  

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2024년 노벨 물리학상, 딥러닝

 

Ⅰ. 배경이론

생물정보학

시퀀싱 기술

 

Ⅱ. 사전 준비

논리학

선형대수학

통계학

알고리즘

빅데이터분석기사

컴퓨터과학

C 목차 

C++ 목차

Java 목차

Python 목차

RStudio 목차

리눅스 서버

윈도우 서버

NAS

MinIO 

도커(docker)

 

Ⅲ. 데이터 획득 및 가공

생물정보학 데이터 형식 이해하기

RNA 시퀀싱 quality control (QC)

HDF 파일과 filtered_feature_bc_matrix.h5

TCGA 데이터 얻는 법

크롤링 예제

 

Ⅳ. 데이터 분석

생물정보학 RStudio 유용 함수 모음

생물정보학 Python 유용 함수 모음

유기화학 관련 파이썬 함수 모음

생물정보학 Linux 유용 함수 모음

LLM 유용 함수 모음

전사체 분석 파이프라인 

프로테오믹스 분석 파이프라인

bulk RNA-seq에서 DEG 획득하기

Cell Type Classification Pipeline

Seurat로 cell type 결정하기

scater로 cell type 결정하기

scanpy로 cell type 결정하기

Seurat와 scanpy의 비교

리간드 수용체-상호작용 분석

MIA의 이해 및 실행

RCTD의 이해 및 실행

XFuse의 이해 및 실행

생물정보학과 언어 모델

 

Ⅴ. 데이터 시각화

파이썬 앱 라이브러리

HTML 앱 라이브러리

 

Ⅵ. 부록

물질 라이브러리

유전자 라이브러리

유전자 스코어 라이브러리

셀 타입 마커 유전자

후성유전학 라이브러리

생물 라이브러리

질환 라이브러리

생물정보학 부록

 

Ⅶ. 디테일

Seurat의 이해

scater의 이해

MIA의 이해

Kaplan-Meier 생존 곡선

CellPhoneDB의 이해

RCTD의 이해

xFuse의 이해

NicheNet의 이해

TransPhylo의 이해

CalicoST의 이해

ecDNA 파이프라인의 이해

COMMOT의 이해

MixupVI의 이해

BoltzLab의 이해

Google Medical AI의 이해 

Tahoe-x1의 이해

 

Ⅷ. 스페셜

► 유전자 온톨리지 

► 공간전사체 

► 공간전사체와 약물분포

► 공간전사체 분석 파이프라인

► 공간전사체 세포-세포 상호작용 분석

► 단일 세포 파운데이션 모델

► 공간전사체와 신약 개발 

► 공간전사체의 대칭성 분석

► 생물정보학과 피지컬 AI

 

입력: 2022.07.20 19:28

수정: 2023.06.16 11:42