【생물정보학】 생물정보학 분석 목차

생물정보학 분석 목차

 

추천글 : 【생물학】 생물정보학, 【알고리즘】 알고리즘 목차

---

최근 수정 내역

ecDNA 알고리즘 (24.12.01)

in vivo Perturb-seq (24.11.26)

ChIP-seq의 QC 메트릭 (24.11.25)

---

5년간 생물정보학 현업에 재직해 왔던 경험을 바탕으로 작성한 글입니다. 

---

 

2024년 노벨 물리학상, 딥러닝

 

Ⅰ. 배경이론

생물정보학

시퀀싱 기술

Kaplan-Meier 생존 곡선

 

 

Ⅱ. 사전 준비

통계학

알고리즘

빅데이터분석기사

컴퓨터과학

C 목차 

C++ 목차

Java 목차

Python 목차

RStudio 목차

리눅스 서버

윈도우 서버

NAS

MinIO 

도커(docker)

 

 

Ⅲ. 데이터 획득 및 가공

FASTQ, FASTA, GTF, GFF, BAM, SAM 파일 이해하기

RNA 시퀀싱 quality control (QC)

HDF 파일과 filtered_feature_bc_matrix.h5

TCGA 데이터 얻는 법

크롤링 예제

 

 

Ⅳ. 데이터 분석

생물정보학 RStudio 유용 함수 모음

생물정보학 Python 유용 함수 모음

유기화학 관련 파이썬 함수 모음

생물정보학 Linux 유용 함수 모음

자연어 처리 및 LLM 유용 함수 모음

전사체 분석 파이프라인 

프로테오믹스 분석 파이프라인

bulk RNA-seq에서 DEG 획득하기

Cell Type Classification Pipeline

Seurat로 cell type 결정하기

scater로 cell type 결정하기

scanpy로 cell type 결정하기

Seurat와 scanpy의 비교

리간드 수용체-상호작용 분석

MIA의 이해 및 실행

RCTD의 이해 및 실행

XFuse의 이해 및 실행

생물정보학과 언어 모델

 

 

Ⅴ. 데이터 시각화

파이썬 앱 라이브러리

HTML 앱 라이브러리

 

 

Ⅵ. 부록

물질 라이브러리

유전자 라이브러리

유전자 스코어 라이브러리

셀 타입 마커 유전자

후성유전학 라이브러리

생물 라이브러리

질환 라이브러리

생물정보학 노트

 

입력: 2022.07.20 19:28

수정: 2023.06.16 11:42