【생물정보학】 TCGA DATA 얻는 법

TCGA DATA 얻는 법

 

추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 

---

1. 공통 과정 [본문]

2. 마무리 방법 1 [본문]

3. 마무리 방법 2 [본문]

4. 마무리 방법 3 [본문]

5. 마무리 방법 4 [본문]

6. 트러블슈팅 [본문]

7. 부록 [본문]

---

 

1. 공통 과정 [목차]

⑴ 구글에 TCGA 입력

 

 

Figure. 1. 공통 1단계

 

⑵ 최상단에 The Cancer Genome Atlas Program - National Cancer Institute 접속

 

 

Figure. 2. 공통 2단계

 

⑶ 본문 중 publicly available에 접속

 

 

Figure. 3. 공통 3단계

 

⑷ 우측 상단에 Carts를 클릭

 

 

Figure. 4. 공통 4단계

 

⑸ 우측에 GDC Data Transfer Tool 접속

 

 

Figure. 5. 공통 5단계

 

⑹ 운영체제에 맞는 GDC Data Transfer Tool을 설치 

① https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool

② Downloading the GDC Data Transfer Tool Client 

③ Downloading the GDC Data Transfer Tool User Interface (Beta) 

④ 안전하게 GDC Client와 GDC User Interface를 모두 Downloads 폴더에 다운 및 설치

⑺ https://portal.gdc.cancer.gov/로 이동 후 Projects에 접속

 

 

Figure. 6. 공통 6단계

 

⑻ 원하는 데이터를 선택

 

 

Figure. 7. 공통 7단계

 

 

2. 마무리 방법 1 [목차]

⑴ 우측 상단에 Manifest 버튼을 선택하여 .txt 파일을 다운로드

⑵ 명령 프롬프트(cmd)를 실행시키고 텍스트 파일의 위치를 참고하여 다음을 기입

⑶ 디렉토리 변경을 위해 cd Downloads 명령어도 꼭 입력해야 했음

① 추측하기로는 gdc-client 파일이 있는 디렉토리로 이동해야 하는 것으로 여겨짐

② Manifest 파일이 같은 디렉토리에 있을 필요는 없음

③ Manifest 파일이 같은 디렉토리에 있는 경우 파일이름, 파일확장자만 표시해도 됨 

⑷ 아래 프롬프트는 입력에 사소한 오류가 있었다: gdc-manifest → gdc_manifest

 

 

 

Figure. 8. 마무리 방법 1

 

⑸ 파일은 'C:/Users/sun/'에 저장됨

 

 

3. 마무리 방법 2 [목차]

⑴ 찾다 보면 Download 버튼을 눌러 .json 파일을 다운로드

⑵ .json 파일을 텍스트 파일로 열어서 uuid를 확인

⑶ 명령 프롬프트(cmd)를 실행시키고 텍스트 파일의 위치를 참고하여 다음을 기입

⑷ 디렉토리 변경을 위해 cd Downloads 명령어도 꼭 입력해야 했음

① 추측하기로는 gdc-client 파일이 있는 디렉토리로 이동해야 하는 것으로 여겨짐

⑸ gdc-client download uuid 

 

 

 

Figure. 9. 마무리 방법 2 

 

⑹ 파일은 'C:/Users/sun/'에 저장됨

 

 

4. 마무리 방법 3 [목차]

⑴ 바탕화면에 깔려 있는 GDC Data Transfer Tool 프로그램을 켠 뒤 방법 1에서 사용한 Manifest 파일을 드래그

 

Figure. 10. 마무리 방법 3

 

 

5. 마무리 방법 4 [목차]

⑴ 위 완결 방법들에 자신이 없는 경우 UCSC XENA에서 올려준 데이터셋을 활용함

⑵ 링크 1. https://ucsc-xena.gitbook.io/project/public-data-we-host/tcga

⑶ 링크 2. https://xenabrowser.net/datapages/

 

 

6. 트러블슈팅 [목차]

⑴ ERROR: ###: 403 Client Error: FORBIDDEN: { "message": "Your token is invalid or expired. Please get a new token from GDC Data Portal." }

① Access 등급이 open이 아니라 controlled인 경우

② 허가에 준하는 token이라는 파일을 요함

③ 추측하기로는 token은 gdc-client라는 파일과 같은 디렉토리에 있어야 함

 

 

7. 부록 [목차]

⑴ TCGA 바코드 (ref)

① TCGA-02-0001-01C-01D-0182-01 

○ TCGA : Project 이름

○ 02 : TSS

○ 0001 : Participant

○ 01 : Sample

○ C : Vial

○ 01 : Portion

○ D : Analyte

○ 0182 : Plate

○ 01 : Center

② TCGA-02 : 어느 기관에서 샘플들을 수집했는지

③ TCGA-02-0001 : 환자들일 식별하는 번호

④ TCGA-02-0001-01 : 환자의 샘플 타입 (tumor 또는 normal)

○ 01 : Primary Solid Tumor

○ 02 : Recurrent Solid Tumor

○ 10 : Blood Derived Normal

○ 11 : Solid Tissue Normal

⑤ TCGA-02-0001-01B : 샘플의 조각

⑥ TCGA-02-0001-01B-02 : 샘플의 조각

⑦ TCGA-02-0001-01B-02D-0182 : 어떤 검사판을 이용하여 측정했는지

⑧ TCGA-02-0001-01B-02D-0182-06 : 검사판을 여러 번 측정하여 가장 정확하다고 판단된 측정결과

⑵ 주요 약자

○ LAML : Acute Myeloid Leukemia 

○ ACC : Adrenocortical carcinoma

○ BLCA : Bladder Urothelial Carcinoma

○ LGG : Brain Lower Grade Glioma

○ BRCA : Breast invasive carcinoma

○ CESC : Cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma

○ CHOL : Cholangiocarcinoma

○ LCML : Chronic Myelogenous Leukemia

○ COAD : Colon adenocarcinoma

○ CNTL : Controls

○ ESCA : Esophageal carcinoma

○ FPPP : FFPE Pilot Phase II

○ GBM : Glioblastoma multiforme

○ HNSC : Head and Neck squamous cell carcinoma

○ KICH : Kidney Chromophobe

○ KIRC : Kidney renal clear cell carcinoma

○ KIRP : Kidney renal papillary cell carcinoma

○ LIHC : Liver hepatocellular carcinoma

○ LUAD : Lung adenocarcinoma

○ LUSC : Lung squamous cell carcinoma

○ DLBC : Lymphoid Neoplasm Diffuse Large B-cell Lymphoma

○ MESO : Mesothelioma

○ MISC : Miscellaneous

○ OV : Ovarian serous cystadenocarcinoma

○ PAAD : Pancreatic adenocarcinoma

○ PCPG : Pheochromocytoma and Paraganglioma

○ PRAD : Prostate adenocarcinoma

○ READ : Rectum adenocarcinoma

○ SARC : Sarcoma

○ SKCM : Skin Cutaneous Melanoma

○ STAD : Stomach adenocarcinoma

○ TGCT : Testicular Germ Cell Tumors

○ THYM : Thymoma

○ THCA : Thyroid carcinoma

○ UCS : Uterine Carcinosarcoma

○ UCEC : Uterine Corpus Endometrial Carcinoma

○ UVM : Uveal Melanoma

 

입력 : 2019.08.26 23:32