【생물정보학】 후성유전학 라이브러리

후성유전학 라이브러리(epigenetics library)

 

추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차 

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1. 히스톤 수식 [본문]

2. CNV [본문]

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a. 후성유전체 시퀀싱

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출처 : DALL.E

 

1. 히스톤 수식 [목차]

○ 개요

○ 히스톤 중 H3가 가장 수식이 많이 일어날 수 있음 : H2A, H2B는 훨씬 드물게 수식됨

○ 히스톤 수식은 히스톤 꼬리에서 일어남

 

출처: UMich BIOINF 523

Figure. 1. 히스톤 수식 위치

 

○ 후성유전학 지도 (feat. abcam) (PDF)

○ H2AK119Ub

○ DDR(DNA damage response)과 관련

○ H2BK5me1 

○ 유전자의 전사를 활성화 

○ H2BK5me3

○ 유전자의 전사를 억제 

○ H3K4me1

○ enhancer와 promoter : 유전자의 전사를 활성화 

○ H3K4me2 

○ H3K4me3

○ 히스톤 단백질의 4번째 라이신(K) 잔기에 세 개의 메틸기(me3)가 붙은 변형

○ active promoter : 유전자의 전사를 활성화

○ 특히 뇌에서는 그 빈도가 H3K27ac와 양의 상관, H3K27me3와 음의 상관관계를 보여줌

○ 예 1. Gpr88은 striatum에서 H3K4me3 변형이 많이 관찰 → 발현 증가 

○ H3K9ac

○ active promoter : 유전자의 전사를 활성화

○ H3K9me1 

○ 유전자의 전사를 활성화

○ H3K9me2 

○ 유전자의 전사를 억제 

○ H3K9me3

○ 이질염색질 silencing : 유전자의 전사를 억제 

○ H3K14ac

○ 유전자의 전사를 활성화

○ H3K27ac

○ 히스톤 단백질의 H3의 27번째 라이신(K) 잔기에 아세틸기(ac)가 붙은 변형 

○ enhancer와 promoter : 유전자의 전사를 활성화

○ 특히 뇌에서는 그 빈도가 H3K4me3와 양의 상관, H3K27me3와 음의 상관관계를 보여줌

○ 예 1. Gpr88은 striatum에서 H3K27ac 변형이 많이 관찰 → 발현 증가 

○ H3K27me1

○ 유전자의 전사를 활성화

○ H3K27me2

○ 유전자의 전사를 억제 

○ H3K27me3

○ 히스톤 단백질의 H3의 27번째 라이신(K) 잔기에 세 개의 메틸기(me3)가 붙은 변형

○ polycomb repression : 유전자의 전사를 억제 

○ 특히 뇌에서는 그 빈도가 H3K4me3 및 H3K27ac와 음의 상관관계를 보여줌 

○ 예 1. 시냅스 간 신호 전달 과정에서 GABAergic 조절에 관여하는 유전자는 H3K27me3 변형이 많음

○ 예 2. 시냅스 간 신호 전달 과정에서 glutamatergic 조절에 관여하는 유전자는 H3K27me3 변형이 적음 

○ 예 3. Car2 유전자는 corpus callosum 및 striatum과 대비하여 뇌 피질층에서 H3K27me3 변형이 많이 관찰됨

○ 예 4. DDR(DNA damage response)과 관련 

○ H3K27me1

○ 유전자의 전사를 활성화

○ H3K27me3 

○ polycomb silenced promoter : 유전자의 전사를 억제 

○ H3K36me3 

○ transcribed gene body, transcription elongation : 유전자의 전사를 활성화 

○ H3K79me1

○ 유전자의 전사를 활성화 

○ H3K79me2 

○ promoter activity : 유전자의 전사를 활성화 

○ H3K79me3

○ 유전자의 전사를 활성화하기도 하고 억제하기도 함

○ H4K20me1 

○ 유전자의 전사를 활성화 

○ Mecp2

○ exclusive reader of non-CpG methylation

 

 

2. CNV(copy number variation) [목차]

○ 12q13 deletion : 종양 억제 유전자인 TP53의 염색체 삭제 이상 

 

입력: 2024.01.07 01:24