【리눅스】 리눅스 주요 트러블슈팅 [01-20]

리눅스 주요 트러블슈팅 [01-20]

 

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1. cannot execute binary file: Exec format error

⑴ 원인 1. OS의 64-bit / 32-bit 여부와 파일의 64-bit / 32-bit 여부가 다른 경우

① 해결방법 : 버전에 맞게 OS를 다시 설치

⑵ 원인 2. OS가 arm 기반인 경우

① M1 외에 arm 기반 대부분은 스마트폰에서 사용

② 대부분의 공개된 프로그램은 결국 amd 기반

③ 해결방법 : 일반 PC에서 amd 기반 OS를 운용하는 것을 추천

 

 

2. command not found

⑴ 원인 1. 환경설정에 파일의 위치가 들어있지 않은 경우

① 해결방법 1. 파일 자체의 절대 주소를 이용

② 해결방법 2. export 명령어를 이용

 

 

3. permission denied

⑴ 원인 1. chmod 설정

① change mode의 약자로 permission 관리

② 사용자 종류 : user (u), group (g), others (o)

③ 권한 종류 : read (r; 4), write (w; 2), execute (e; 1), rw- (4+2=6), r-x (4+1=5), rwx (4+2+1=7)

④ 방법 1. symbolic mode

○ 예 1. chmod u+x filename : user에게 execute 권한 부여

○ 예 2. chmod g-w filename : group에게 write 권한 제거

○ 예 3. chmod o=r filename : others의 권한을 read only로 설정 

⑤ 방법 2. numeric mode 

○ 예 1. chmod 755 filename : user에게 7, group에게 5, others에게 5의 권한 설정 

⑥ 응용 1. 디렉토리 전체의 permission 설정 

○ 예 1. chmod -R 755 directory_name : directory_name 전체에 755 권한 설정

⑵ 원인 2. 환경설정에 파일의 위치가 들어있지 않은 경우

① 해결방법 1. 파일 자체의 절대 주소를 이용

② 해결방법 2. export 명령어를 이용

 

 

4. packet_write_wait: Connection to 210.114.89.173 port 12604: Broken pipe

⑴ 원인 1. 서버가 일정 시간 작업이 없으면 소켓을 닫아 클라이언트가 연결할 수 없어서 에러가 발생 

① ServerAliveInterval을 설정함으로써 해결 

⑵ 원인 2. 서버가 잠깐 끊기거나 재부팅됐을 때 클라이언트가 연결이 끊겼다고 감지해서 에러가 발생

① 서버가 KeepAlipe 메시지를 보내지 않도록 함으로써 해결

⑶ 절차 (ref)

 

# Step 1
nano ~/.ssh/config

# Step 2
Host *
ServerAliveInterval 120
TCPKeepAlive no

# Step 3
^O

 

 

5. ERROR: There were no reads to process. Please check whether the read lengths in the input fastqs satisfy the minumum read length requirements for the chemistry.

⑴ 문제 상황 : Space Ranger를 실행 시 위와 같은 문제를 발견할 수 있음 

⑵ 원인 1. typo : fastq 이름에 오류가 있는 경우

⑶ 원인 2. 예상되는 R1 length보다 더 짧은 경우

⑷ 10x Genomics 레퍼런스 

 

 

6. [Directory] has only 43264kB remaining space available. To ignore this error, set MRO_DISK_SPACE_CHECK=disable in your environment.

⑴ 문제상황 : Space Ranger 등 Linux/CPU 기반 파이프라인을 돌리던 상황 (ref)

⑵ 단기적 해결방안 : export MRO_DISK_SPACE_CHECK=disable

⑶ 장기적 해결방안 : 디스크 용량 확보

 

 

7. Log message: The input data has a very low rate of barcodes (0.0%) that match the selected slide type. Please check that your input data and slide serial number or chosen slide version are correct. Input: Sample NYU_GIST1 in "/data/jeongbinpark/231019_microbiota/GIST/Fastq"

⑴ 문제상황 : Space Ranger를 쓸 때 10초도 안 돼서 에러가 남 

⑵ 해결방법 : SRR20708363_1.fastq.gz 및 SRR20708363_2.fastq.gz Fastq 파일을 [sample_name]_S1_L001_R1_001.fastq.gz 또는 ..._R2_001.fastq.gz 형식으로 바꿔줘야 했음 (단, 샘플명은 임의로 지정할 수 있음). 이때 SRR20708363_1.fastq.gz을 R1, SRR20708363_2.fastq.gz을 R2로 명명하면 위 에러가 난 반면, SRR20708363_1.fastq.gz을 R2, SRR20708363_2.fastq.gz을 R1으로 명명하면 잘 작동함 

⑶ 제언 : 슬라이드 번호가 V1, V4, V5, H1으로 시작하는지만 잘 맞춰주면, 웬만해서 Space Ranger는 잘 돌아감

 

입력: 2023.10.19 23:29

수정: 2024.07.17 20:24