【생물학】 1-1강. 생체고분자 소수성 지표

1-1강. 생체고분자 소수성 지표

 

추천글 : 【생물학】 1강. 생물체의 구성

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1. 종류 1. 내재성 단백질과 소수성 지표 [본문]

2. 종류 2. 친수성-친유성 밸런스 [본문]

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1. 내재성 단백질과 소수성 지표 [목차]

⑴ 개요

① 소수성 지표(hydropathy plot) : 소수성 좌표라고도 함

② 막 관통영역 : 일반적으로 막 관통영역은 약 20개의 소수성 아미노산으로 구성

⑵ 아미노산의 소수성 계수(HI) : 값이 클수록 아미노산의 소수성이 크다고 할 수 있음

 

출처 : 이미지 클릭

Table. 1. 아미노산의 약자^]

 

○ A : 1.8

○ C : 2.5

○ D : -3.5

○ E : -3.5

○ F : 2.8

○ G : -0.4

○ H : -3.2

○ I : 4.5

○ K : -3.9

○ L : 3.8

○ M : 1.9

○ N : -3.5

○ P : -1.6

○ Q : -3.5

○ R : -4.5

○ S : -0.8

○ T : -0.7

○ V : 4.2

○ W : -0.9

○ Y : -1.3

⑶ 분석 방법

○ ㈎ 막관통 단편의 크기에 해당하는 아미노산 19개를 구간 크기(window size)로 설정

○ ㈏ X의 N 말단에 위치한 19개의 아미노산을 구간 1로 정하고 평균 HI를 계산

○ ㈐ 구간 1을 C 말단쪽으로 아미노산 하나만큼 이동시켜 구간 2를 정하고 평균 HI를 계산

○ ㈑ X의 C 말단에 도달할 때까지 ㈐를 반복

○ ㈒ 각 구간의 평균 HI를 그래프로 나타냄

○ ㈓ 소수성 구간이 큰 구간(즉, 평균 HI 값이 큰 구간)을 막 관통영역으로 추론할 수 있음

 

 

2. 친수성-친유성 밸런스(hydrophilic-lipophilic balance; HLB) [목차]

⑴ 그리핀의 계산법

 

① M_h : 분자 내 친수성 부분의 질량

② M : 전체 분자의 질량

③ 0 ~ 20 사이의 값이 나옴

④ 계면활성제의 종류별 HLB 값

 

출처 : 이미지 클릭

Figure. 1. 계면활성제의 종류별 HLB 값^]

 

⑵ 대이비스의 계산법

 

 

① m : 분자 내 친수성기의 수

② H_i : i 번째 친수성기의 H 계수

③ n : 분자 내 친유성기의 수

 

입력: 2019.03.12 14:42