【생물정보학】 모델 생물 라이브러리

모델 생물 라이브러리

 

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1. Homo sapiens (human)

⑴ 유전자는 전부 대문자. GRCh38 레퍼런스 기준 36601개 (ENSG)

 

human_genes_36601.tsv

0.89MB

 

⑵ human gene annotation (24424 genes) 

 

human gene annotation.csv

2.95MB

 

① Gene ID

② Entrez ID

③ chromosome number, start, end, width

④ strand

⑤ transcript ID (transcript_id)

⑥ bioType

⑦ aliases

⑧ protein ID (p_id)

⑨ 간단 설명

 

 

2. Mus musculus (mouse)

⑴ 유전자 첫 글자만 대문자이고 나머지는 소문자. mm10 레퍼런스 기준 32285개 (ENSMUSG)

 

mouse_genes_32285.tsv

0.85MB

 

⑵ 사람과 마우스 유전자의 상동(gene homology between human and mouse)

⑶ mouse gene annotation (23282 genes)

 

mouse gene annotation.csv

3.17MB

 

① Gene ID 

② Entrez ID 

③ chromosome number, start, end, width  

④ strand

⑤ protein ID (p_id)

⑥ transcript ID (transcript_id)

⑦ tss_id 

⑧ bioType 

⑨ aliases

⑩ 간단 설명 

 

 

3. E. coli (대장균)

⑴ ASM584v2 (K-12) 레퍼런스 기준 2639개. E. coli wiki 참고

 

Ecoli_genes_2639.tsv

0.03MB

 

 

4. Danio rerio (zebrafish)

⑴ GRCz11 레퍼런스 기준, 유전자 47394개

 

Danio_genes_47394.tsv

1.67MB

 

⑵ 인간 유전자의 70%를 가지고 있음

⑶ 수정 전후로 유전정보를 쉽게 조작할 수 있음

⑷ 포유동물과 달리 폐, 전립선, 유선 등이 없음

 

 

5. Arabidopsis thaliana (애기장대)

⑴ 2000년 시퀀싱 완료 : 식물 중 최초로 시퀀싱됨 

⑵ TAIR10.1 레퍼런스 기준, 유전자 38309개

 

Arabidopsis_genes_38309.tsv

1.32MB

 

 

6. Aspergillus fumigatus (누룩곰팡이)

⑴ ASM265v1 레퍼런스 기준, 유전자 9870개 

 

Aspergillus_genes_9870.tsv

0.40MB

 

 

7. Bos taurus (cow)

⑴ ARS-UCD1.3 레퍼런스 기준, 유전자 30842개

 

Bos_genes_30842.tsv

1.00MB

 

 

8. Caenorhabditis elegans (예쁜꼬마선충)

⑴ 1998년 시퀀싱 완료 : 다핵 진핵생물 중 최초로 시퀀싱 됨

⑵ WBcel235 레퍼런스 기준, 유전자 46928개

 

Cenorhabditis_genes_46928.tsv

2.00MB

 

 

9. Drosophila melanogaster (fruit fly)

⑴ 2000년 시퀀싱 완료 

⑵ Release 6 plus ISO1 mitochondrial genome 레퍼런스 기준, 유전자 17616개

 

Drosophila_genes_17616.tsv

0.69MB

 

 

10. Gallus gallus (chicken)

⑴ bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b 레퍼런스 기준, 유전자 25486개 

 

Gallus_genes_25486.tsv

0.83MB

 

 

11. Oryza sativa (벼)

⑴ IRGSP-1.0 레퍼런스 기준, 유전자 35222개 

 

Oryza_genes_35222.tsv

1.31MB

 

 

12. Pyrenophora teres (식물병원균 중 하나)

⑴ ASM1433481v1 레퍼런스 기준, ... (현재 레퍼런스 데이터 없음)

 

 

13. Rattus norvegicus (rat)

⑴ mRatBN7.2 레퍼런스 기준, 유전자 35236개

 

Rattus_genes_35236.tsv

1.16MB

 

 

14. Saccharomyces cerevisiae (yeast)

⑴ 1996년 시퀀싱 완료 : 진핵생물 중 최초로 시퀀싱됨 

⑵ R64 레퍼런스 기준, 유전자 6464개

 

R64_genes_6464.tsv

0.20MB

 

 

15. Zea mays (corn)

⑴ Zm-B73-REFERENCE-NAM-5.0 레퍼런스 기준, 유전자 46263개 

 

Zea_genes_46263.tsv

1.84MB

 

 

16. Oryctolagus cuniculus (rabbit)

⑴ UM_NZW_1.0 레퍼런스 기준, 유전자 29480개

 

Oryctolagus_genes_29480.tsv

0.99MB

 

⑵ OryCun2.0 레퍼런스 기준, 유전자 29480개 

 

Oryctolagus_genes_29480.tsv

0.99MB

 

⑶ chromosome location 및 annotation : Broad Institute에 의해 만들어짐 

Rabbit Genome Project

 

입력 : 2022.07.20 19:46

수정: 2022.08.23 09:24