【생물정보학】 유전자 스코어 라이브러리

유전자 스코어 라이브러리(gene score library)

 

추천글 : 【생물정보학】 생물정보학 분석 목차  

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1. 개요 [본문]

2. BP [본문]

3. CC [본문]

4. MF [본문]

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a. 유전자 라이브러리 

b. 셀 타입 마커 유전자

c. 리간드-수용체 상호작용 데이터베이스

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1. 개요 [목차]

○ 기타 부족한 정보는 수십억 개의 논문을 큐레이션 한 https://typeset.io/, https://www.scinapse.io/를 참고할 수 있음

 

 

2. BP(biological process) [목차]

○ 섬유화(fibrosis) 마커 : COL1A1, COL3A1, COL5A1, SPP1, FN1, POSTN, FGF1, PDGFB, CTGF, FGF7, IL34, CDC42, CXCL12 (SDF1), TGFBR1, TGFBR2, CCL3, CCL4, COL5A2, ADIPOQ

○ 코로나 바이러스 침투 경로 : ACE2, TMPRSS2, PCK5, PCSK7, CTSL, CTSB, NRP1

○ 저산소증 관련 스코어 : DCN, DDIT4, PRKCA, NDRG1

○ 세포주기 중 G1/S기에 높게 발현하는 유전자 (출처) : CEP57, CDCA7L

○ 세포주기 중 S기에 높게 발현하는 유전자 (출처) : ABHD10, CCDC14, CDKN2AIP, NT5DC1, SVIP, PTAR1

○ 세포주기 중 G2기에 높게 발현하는 유전자 (출처) : ANKRD36C, YEATS4, DCTPP1

○ 세포주기 중 G2/M기에 높게 발현하는 유전자 (출처) : SMC4, TMPO, LMNB1, HINT3

○ 세포주기 중 M기에 높게 발현하는 유전자 (출처) : HMG20B, HMGB3, HPS4

○ 세포주기 중 G0기에 높게 발현하는 유전자 (출처) : CDKN1A, CDKN1B, CDKN1C

○ 세포주기 관련 스코어 : CDC20, CCNB1, CENPF, PTTG1

○ 세포 성장 조절 : AREG, EGR1

○ 혈관 리모델링(vascular remodeling) : VEGFB, VEGFC, ANGPTL4

○ 타입 1 immunity : CCL3, CXCL9, CXCL10, CXCL11, IL18

○ 타입 2 immunity : CCL11, CCL13, CD5L, IL4, IL5, IL13, IL24

○ 면역 활성화 : CD40LG, CD48, CD80, CD86

○ 전이(metastasis) 관련 유전자 : PLAU, PLAUR, RELB, AREG

○ 면역 관문(immune checkpoint) 관련 유전자 : HAVCR2, CD47, LGALS9, CD276, LAG3, PDCD1, BTLA, CD274 (PD-L1), PDCD1LG2 (PD-L2), VSIR, MIF, SIGLEC10, CTLA4, TIGIT, CD96, TNFRSF1B

○ 증식(proliferation) 관련 유전자 : MKI67, MCM2, PCNA, STMN1, Mki67, Mpp1

○ 면역 억제(immunosuppression) : APOE, GPNMB

○ E2F 타겟 : ATAD2, MCM2, BIRC5

○ 신경 분화 : STMN2, STMN4, TUBB3

○ 항원 제시(antigen presentation) : CD74, HLA-DRB1, HLA-DQA2, HLA-C, HLA-DRB5

○ antigen processing : LY75, TAP1

○ migratory marker : CCR7, CCL19

○ 케라틴화(keratinization) : SPRR2D, SPRR2E, SPRR2A, CRCT1, CNFN

○ 세포자연사(cell apoptosis) : FOXO3, MCL1

○ malignancy score : KRT18, IRX2, NAPSA, SPINK13, KRT7, CAPN8, GPRC5A

 

 

3. CC(cellular component) [목차]

○ 보체 활성화(complement activation) : C1QA, C1QB, C1QC, CFD, C7

○ 면역 글로불린(immunoglobulin) : IGKC, IGKV4-1, IGHA1, IGHG2, IGLV9-49, IGHV1-46

○ 세포외 기질(extracellular matrix) : FBLN, COL1A2, COL3A1, BGN, COL1A1, COL1A2, SPP1, FN1, TIMP1, COL6A2, LYPD3, SLPI, MT2A, NIME2, IFITM3, DCN, TNC

○ tissue resident marker : NR4A1, NR4A2, NLRP3

○ T 세포 수용체(TCR) : TRAC, TRBC, TRDC, Cd3e, Cd4, Cd8a

○ MHC 분자 : HLA-DRA, HLA-DPA1, HLA-C, HLA-DRB5, HLA-DQA2

○ MHC Class II : H2-ab1, H2-aa, H2-eb1

○ 멜라닌 생성 및 패키징 : Tyrp1, Dct, Pmel, Mlana

○ 글루탐산염 수용체 : GRIK1, GRIK3, GRIK5

○ 전압 의존성 포타슘 채널 : KCND3, KCNK1, KCNMA1, KCNQ2, KCNT1

○ 전압 의존성 칼슘 채널 : CACNA1A, CACNA1C, CACNA2D1

○ 미세소관 배열 및 수송 : DYNC2LI1, KIF3A, CFAPs, IFTs, MCTL1

○ 시냅스 소포 전달 및 방출 : KIF1A, KIB3B, KIF26B, MYO5A, MYO9A, BSN

○ 줄기세포 관련 유전자 : SOX4, CD164, SOX9

○ TLS(tertiary lymphoid structure) : IGHA1, IGHG1, IGHG2, IGHG3, IGHG4, IGHGP, IGHM, IGKC, IGLC1, IGLC2, IGLC3, JCHAIN, CD79A, FCRL5, MZB1, SSR4, XBP1, TRBC2, IL7R, CXCL12, LUM, C1QA, C7, CD52, APOE, PTLP, PTGDS, PIM2, DERL3

○ mitochondrial score (apoptosis score) : mt-Nd1, mt-Nd2, mt-Co1, mt-Co2, mt-Atp8, mt-Atp6, mt-Co3, mt-Nd3, mt-Nd4l, mt-Nd4, mt-Nd5, mt-Nd6, mt-Cytb, MT-ND1, MT-ND2, MT-CO1, MT-CO2, MT-ATP8, MT-ATP6, MT-CO3, MT-ND3, MT-ND4L, MT-ND4, MT-ND5, MT-ND6, MT-CYB

○ hemoglobin score : Hbb-bt, Hbb-bs, Hbb-bh2, Hbb-bh1, Hbb-y, Hba-x, Hba-a1, Hbq1b, Hba-a2, Hbq1a, HBB, HBD, HBG1, HBG2, HBE1, HBZ, HBM, HBA2, HBA1, HBQ1

 

 

4. MF(molecular function) [목차]

○ 인터페론 반응(interferon response) : IFI6, ISG15, IFIT1, IFITM1, NFKBIA, IFI27, IFI30, Cxcl9, Cxcl10, Cd274, STAT1, ISG20

○ 염증성 사이토카인(inflammatory cytokine) : IL1A, IL1B, CXCL2, CXCL8, CXCL9, CCL4, CCL18, CXCR4, LYZ, IL6, IFNG, NOS2, PTGS2, TNF, CD47, CD274 (PD-L1), GLI1, NFKB1, CCL3, TNF, IRF5, CSF1R, STAB1, NINJ1, JAK3, LITAF, CCL17, CCL21

○ 항염증성 사이토카인(anti-inflammatory cytokine) : CD163, MSR1 

○ 신경 화학 물질(neurochemical) : Sst, Pvalb, Vip, Reln

○ DNA repair enzyme : APE1, OGG1, UNG

○ HLA(human leukocyte antigen) : HLA-DQA1, HLA-DQB1

○ NF-κB 신호전달 경로 : NFKB1, NFKBIA

○ 열 충격 및 DNA damage 연관 유전자 : DNAJB1, HSPH1

○ TGFβ 신호전달 경로 : TGFB2, TGFB3, BMP6

○ JAK-STAT 신호전달 경로 : IL1B, IL6, IL10

○ chemokine : CCL2, CCL4, CCL8, CCL7, CXCL1, CXCL10

○ T cell activation : TNFRSF9 (4-1BB), TNFRSF18 (GITR)

○ 안드로젠 수용체(AR)의 타겟 유전자 스코어 : KLK2, KLK3, FKBP5, NKX3-1

○ mTORC1 activity : RPS6, MLST8

○ 케모카인(chemokine) : CCL3, CCL4L2, XCL1, XCL2 

○ stress-linked gene : JUN, JUNB, FOS

○ immune cell homing signal : CXCL13, CCL3, CCL4, CCL5

○ 항원제시세포와 T cell 간 adhesion : ICAM1, LFA-3, LFA-1, CD2

○ 항원제시세포와 T cell 간 co-stimulation : CD40L, OX40, 4-1BB, GITR, CD27, ICOS/CD278, CD28

○ 항원제시세포와 T cell 간 checkpoint blockade : PD-1, BTLA, TIGIT, TIM-3, LAG-3, CTLA-4

○ NFkB 신호전달 경로 : NFKB2, NFKBIA

○ WNT 시그널링 : Axin2, Celsr2, Lef1, Nkd2, Prickle2, Sfrp1, Sfrp2, Tcf7, Tcf7l1, Tcf7l2, Vangl2, Wnt2, Wnt4, Dkk1, Dkk2, Dkk3, Fzd1, Fzd2, Fzd3, Fzd4, Fzd5, Fzd7, Fzd8

○ Wnt/BMP 시그널링 : Bmp2, Bmp5, Bmp7

○ Notch 시그널링 : Ep300, Fbxw7, Maml1, Notch1, Notch2, Notch3, Notch4, Rbpj, Dll1, Dll4, Jag1, Jag2

 

입력: 2022.06.21 01:02

수정: 2024.02.20 00:42