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【생물정보학】 모델 생물 라이브러리

 

모델 생물 라이브러리

 

추천글 : 【생물정보학】 생물 라이브러리 


 

1. Homo sapiens (human)

⑴ 유전자는 전부 대문자. GRCh38 레퍼런스 기준 36601개 (ENSG)

 

human_genes_36601.tsv
0.89MB

 

human gene annotation (24424 genes) 

 

human gene annotation.csv
2.95MB

 

① Gene ID

② Entrez ID

③ chromosome number, start, end, width

④ strand

⑤ transcript ID (transcript_id)

⑥ bioType

⑦ aliases

⑧ protein ID (p_id)

 간단 설명

 

 

2. Mus musculus (mouse)

유전자 첫 글자만 대문자이고 나머지는 소문자. mm10 레퍼런스 기준 32285개 (ENSMUSG)

 

mouse_genes_32285.tsv
0.85MB

 

사람과 마우스 유전자의 상동(gene homology between human and mouse)

⑶ mouse gene annotation (23282 genes)

 

mouse gene annotation.csv
3.17MB

 

① Gene ID 

② Entrez ID 

③ chromosome number, start, end, width  

④ strand

⑤ protein ID (p_id)

⑥ transcript ID (transcript_id)

⑦ tss_id 

⑧ bioType 

⑨ aliases

간단 설명 

 

 

3. E. coli (대장균)

ASM584v2 (K-12) 레퍼런스 기준 2639개. E. coli wiki 참고

 

Ecoli_genes_2639.tsv
0.03MB

 

 

4. Danio rerio (zebrafish)

⑴ GRCz11 레퍼런스 기준, 유전자 47394개

 

Danio_genes_47394.tsv
1.67MB

 

인간 유전자의 70%를 가지고 있음

수정 전후로 유전정보를 쉽게 조작할 수 있음

⑷ 포유동물과 달리 폐, 전립선, 유선 등이 없음

 

 

5. Arabidopsis thaliana (애기장대)

⑴ TAIR10.1 레퍼런스 기준, 유전자 38309개

 

Arabidopsis_genes_38309.tsv
1.32MB

 

 

6. Aspergillus fumigatus (누룩곰팡이)

⑴ ASM265v1 레퍼런스 기준, 유전자 9870개 

 

Aspergillus_genes_9870.tsv
0.40MB

 

 

7. Bos taurus (cow)

⑴ ARS-UCD1.3 레퍼런스 기준, 유전자 30842개

 

Bos_genes_30842.tsv
1.00MB

 

 

8. Cenorhabditis elegans (예쁜꼬마선충)

⑴ WBcel235 레퍼런스 기준, 유전자 46928개

 

Cenorhabditis_genes_46928.tsv
2.00MB

 

 

9. Drosophila melanogaster (fruit fly)

⑴ Release 6 plus ISO1 mitochondrial genome 레퍼런스 기준, 유전자 17616개

 

Drosophila_genes_17616.tsv
0.69MB

 

 

10. Gallus gallus (chicken)

⑴ bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b 레퍼런스 기준, 유전자 25486개 

 

Gallus_genes_25486.tsv
0.83MB

 

 

11. Oryza sativa (벼)

⑴ IRGSP-1.0 레퍼런스 기준, 유전자 35222개 

 

Oryza_genes_35222.tsv
1.31MB

 

 

12. Pyrenophora teres (식물병원균 중 하나)

⑴ ASM1433481v1 레퍼런스 기준, ... (현재 레퍼런스 데이터 없음)

 

 

13. Rattus norvegicus (rat)

⑴ mRatBN7.2 레퍼런스 기준, 유전자 35236개

 

Rattus_genes_35236.tsv
1.16MB

 

 

14. Saccharomyces cerevisiae (yeast)

⑴ R64 레퍼런스 기준, 유전자 6464개

 

R64_genes_6464.tsv
0.20MB

 

 

15. Zea mays (corn)

Zm-B73-REFERENCE-NAM-5.0 레퍼런스 기준, 유전자 46263개 

 

Zea_genes_46263.tsv
1.84MB

 

 

16. Oryctolagus cuniculus (rabbit)

UM_NZW_1.0 레퍼런스 기준, 유전자 29480개

 

Oryctolagus_genes_29480.tsv
0.99MB

 

⑵ OryCun2.0 레퍼런스 기준, 유전자 29480개 

 

Oryctolagus_genes_29480.tsv
0.99MB

 

chromosome location 및 annotation : Broad Institute에 의해 만들어짐 

 

Rabbit Genome Project

The European rabbit, Oryctolagus cuniculus, originated in the Iberian peninsula and is the precursor of all domestic rabbits. Humans have been hunting and eating the European rabbit for over 120,000 years, but the rabbit was only domesticated in the year 6

www.broadinstitute.org

 

입력 : 2022.07.20 19:46

수정: 2022.08.23 09:24