【통계학】 5-2강. 거리함수와 유사도

5-2강. 거리함수와 유사도

 

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1. 개요 [본문]

2. 거리 개념 종류 [본문]

3. 유사도 개념 종류 [본문]

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a. Gromov-Wasserstein distance 

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1. 개요 [목차]

⑴ 거리함수와 유사도 개념은 많이 혼용되어 쓰임 

① 공통점 : 두 data point가 가깝다(거리가 짧다)는 말은 유사하다는 뜻과 동일함. 즉, 거리 ∝ 1 / 유사도 

② 공통점 : 머신러닝에서의 손실함수, 에러함수, 비용함수라는 말도 참값과 예측값의 차이(∝ 1 / 유사도)를 지칭함 

③ 차이점 : 거리함수는 선형대수학에서 다음과 같이 엄밀하게 정의되지만, 손실함수, 유사도 등이 그 정의를 만족해야 하는 것은 아님

 

 

⑵ 다음 거리 개념 및 유사도 개념 구분은 엄밀하지 않음을 유의

⑶ 여러 종류의 거리, 유사도 개념

 

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Figure. 1. 여러 종류의 거리, 유사도 개념

 

 

2. 거리 개념 종류 [목차]

⑴ 종류 1. L1 손실함수(L1 노름, L1-norm) : 시가(city-block) 거리라고도 불림

 

 

① 1-1. 맨하탄(Manhattan) 거리 : ㄱ, ㄴ 자 모양 등으로 경로를 설정한 뒤 각 거리를 구하는 방식

⑵ 종류 2. L2 손실함수(L2-노름, L2-norm, MSE) : 피타고라스 정리를 이용한 유클리드 거리 (표준)

 

 

⑶ 종류 3. cross entropy : 대표적으로 BCE(binary cross-entropy)가 있음 

 

 

⑷ 종류 4. KL 거리(Kullback-Leibler divergence, KLD)

 

 

⑸ 종류 5. DT(Delaunay triangulation)

⑹ 종류 6. p-노름(p-norm)

 

 

⑺ 종류 7. dot product : 벡터의 내적 연산 

⑻ 종류 8. linkage metric : 클러스터 간 거리를 정의

⑼ 종류 9. 헤밍 거리(Hamming distance) : 데이터 포인트마다 이진값을 지정해 값의 차이만큼을 데이터 포인트의 거리로 측정

⑽ 종류 10. 표준화(standardized distance) 

① 변수의 측정단위를 표준화한 거리

② 수식화

 

d(i, j)² = (X_i - X_j)^T D^-1 (X_i - X_j)

 

○ X_i : 시작점 행렬

○ X_j : 끝점 행렬

○ D : 표본 분산 (대각) 행렬

⑾ 종류 11. 마할라노비스 거리(Mahalanobis distance) 

 

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Figure. 2. 마할라노비스 거리

 

① 변수의 표준화와 함께 변수 간의 상관성(데이터의 분포 형태)을 동시에 고려한 통계적 거리

② 수식화 : 두 데이터 포인트 X_i와 X_j 간의 거리 d를 구하고자 할 때 다음과 같은 수식을 사용함

 

d(i, j)² = (X_i - X_j)^T S^-1 (X_i - X_j)

 

○ X_i : 시작점 행렬

○ X_j : 끝점 행렬

○ S : 표본 공분산 행렬 

③ 장점 : 유클리드 거리와 달리 scale-free, 데이터의 상관성 고려, outlier 탐지 등의 이점이 있음

④ 한계 : 데이터의 normality를 가정해야 함. 표본 공분산 행렬을 구하는 과정이 computatinoally intensive

⑤ 파이썬 코드

 

import numpy as np
from scipy.linalg import inv

def mahalanobis_distance(x, y, covariance_matrix, regularization=1e-6):
    # Add regularization to the covariance matrix's diagonal
    regularized_cov = covariance_matrix + np.eye(covariance_matrix.shape[0]) * regularization
    
    x_minus_y = np.array(x) - np.array(y)
    covariance_matrix_inv = inv(regularized_cov)
    distance = np.dot(np.dot(x_minus_y, covariance_matrix_inv), x_minus_y.T)
    return np.sqrt(distance)

# Example usage:
x = [1, 2, 3]
y = [4, 5, 6]
data = np.array([x, y])
cov_matrix = np.cov(data, rowvar=False)  # Here, we're just using the covariance of x and y for simplicity

print(mahalanobis_distance(x, y, cov_matrix))

 

⑿ 종류 12. Levenshtein distance : 두 개의 문자열 A, B가 주어졌을 때 두 문자열이 얼마나 유사한지를 알아내는 알고리즘

⒀ 종류 13. 민코프스키(Minkowskii) 거리

① m차원 민코프스키 공간에서의 거리

② m = 1일 때 맨하탄 거리와 같음

③ m = 2일 때 유클리드 거리와 같음

⒁ 종류 14. Hausdorff distance

① 수식화 : 두 집합 A = {a₁, ∙∙∙, a_p}, B = {b₁, ∙∙∙, b_q}에 대하여

 

H(A, B) = max(h(A, B), h(B, A))

 

② directed Hausdorff distance : A, B 중 가장 거리가 먼 두 점의 거리 

 

h(A, B) = max_a∈A min_b∈B || a - b ||

 

⒂ 종류 15. focal loss 

① 수식화

 

FL = -(1 - P_t)^γ log (P_t)

 

⒃ 종류 16. Sørensen–Dice coefficient (Dice distance, DSC)

① 수식화

 

2 | A ∩ B| / | A ∪ B |

 

⒄ 종류 17. Gromov-Wasserstein distance (Kantorovich–Rubinstein metric, Earth Mover's Distance, EMD)

⒅ 종류 18. Sinkhorn divergence (entropic Wasserstein distance)

⒆ 종류 19. Cressie-Read power divergence

⒇ 종류 20. Jensen-Shannon distance

⒇ 종류 21. total variation (TV) distance

⒇ 종류 22. Kolmogorov-Sminrov distance

⒇ 종류 23. Hellinger distance : 확률밀도함수의 kernel density estimation을 요함

⒇ 종류 24. Huber loss function

⒇ 종류 25. Bhattacharyya loss

⒇ 종류 26. evidence lower bound (ELBO)

⒇ 종류 27. Aitchison distance : simplex의 거리 개념

⒇ 종류 28. Bray Curtis distance

 

BC_ij = 1 - 2C_ij / (S_i + S_j)

 

① i = one site, j = another site

② S_i = numbers of species in i, S_j = numbers of species in j

③ C_ij = the less number of the overlapping sites in species

 

 

3. 유사도 개념 종류 [목차]

⑴ 종류 1. 피어슨 상관계수(Pearson correlation coefficient)

① 정의 : X와 Y의 표준편차 σ_x, σ_y에 대해,

 

 

② 특징 

○ 등간, 비율척도로 측정된 두 변수들의 상관관계

○ 연속형 변수를 대상으로 함

○ 정규성 가정

○ 대부분 많이 사용

⑵ 종류 2. Spearman 상관계수(Spearman correlation coefficient)

① x' = rank(x)와 y' = rank(x)에 대해 다음과 같이 정의

 

 

② 특징 

○ 서열 척도인 두 변수들의 상관관계를 측정하는 방식

○ 순서형 변수를 대상으로 하는 비모수적 방법

○ 제로가 많은 데이터에 유리함

○ 데이터 내 편차나 에러에 민감

○ 켄달 상관계수보다 높은 값을 가짐 

⑶ 종류 3. Kendall 상관계수(Kendall correlation coefficient)

① concordant pair와 discordant pair에 대해 상관계수를 정의

 

 

② 특징 

○  열 척도인 두 변수들의 상관관계를 측정하는 방식

○ 순서형 변수를 대상으로 하는 비모수적 방법

○ 제로가 많은 데이터에 유리함

○ 샘플 사이즈가 작거나 데이터의 동률이 많을 때 유용함

⑷ 종류 4. Matthew correlation coefficient (MCC)

 

 

⑸ 종류 5. χ²

① 측정데이터를 x_m, y_m, 근사함수를 f(x)라 하면,

 

 

⑹ 종류 6. SSIM

① 이미지 유사도 비교 알고리즘

 

 

② 파이썬 코드 

 

def SSIM(x, y):
    # assumption : x and y are grayscale images with the same dimension

    import numpy as np
    
    def mean(img):
        return np.mean(img)
        
    def sigma(img):
        return np.std(img)
    
    def cov(img1, img2):
        img1_ = np.array(img1[:,:], dtype=np.float64)
        img2_ = np.array(img2[:,:], dtype=np.float64)
                        
        return np.mean(img1_ * img2_) - mean(img1) * mean(img2)
    
    K1 = 0.01
    K2 = 0.03
    L = 256 # when each pixel spans 0 to 255
   
    C1 = K1 * K1 * L * L
    C2 = K2 * K2 * L * L
    C3 = C2 / 2
        
    l = (2 * mean(x) * mean(y) + C1) / (mean(x)**2 + mean(y)**2 + C1)
    c = (2 * sigma(x) * sigma(y) + C2) / (sigma(x)**2 + sigma(y)**2 + C2)
    s = (cov(x, y) + C3) / (sigma(x) * sigma(y) + C3)
        
    return l * c * s

 

⑺ 종류 7. mutual information

① 원리 : 첫 번째 이미지가 주어졌을 때 두 번째 이미지를 예측할 수 있는지

② 서로 다른 모달리티로 얻어진 두 이미지 간의 연관성을 분석할 때 용이함

○ 예 : MRI에서 T1-weighted image와 T2-weighted image는 반전된 지점이 많은데, mutual information은 이를 고려할 수 있음

③ 코드  

  

def mutual_information(img1, img2):
    import numpy as np
    import cv2
    import matplotlib.pyplot as plt
    
    # img1 and img2 are 3-channel color images
    
    a = img1[:,:,0:1].reshape(img1.shape[0], img1.shape[1])
    b = img2[:,:,0:1].reshape(img2.shape[0], img2.shape[1])
    
    hgram, x_edges, y_edges = np.histogram2d(
     a.ravel(),
     b.ravel(),
     bins=20
    )

    pxy = hgram / float(np.sum(hgram))
    px = np.sum(pxy, axis=1) # marginal for x over y
    py = np.sum(pxy, axis=0) # marginal for y over x
    px_py = px[:, None] * py[None, :] # Broadcast to multiply marginals

    nzs = pxy > 0 # Only non-zero pxy values contribute to the sum
    
    return np.sum(pxy[nzs] * np.log(pxy[nzs] / px_py[nzs]))

 

④ 레퍼런스 

Mutual information as an image matching metric — Tutorials on imaging, computing and mathematics

 

⑻ 종류 8. Mr(thresholded Mander's colocalization coefficient)

① 서로 다른 두 개의 단색 이미지의 overlapping pixel의 비율

② tMr(thresholded Mr) : 특정 threshold 이하의 값을 모두 0의 값을 갖는 backgroun로 간주하고 Mr을 구한 것

③ 배경 : Pearson correlation coefficient는 음수 값을 가지고 있어서 단색 이미지 간 비교에 적절하지 않음

④ 특징 1. 0 ~ 1 사이의 값을 가짐

⑤ 특징 2. 배경의 픽셀값에는 민감하게 변하지만 overlapping pixel의 값에는 크게 영향을 받지 않음

⑥ 특징 3. Pearson correlation에 의존성이 있음

⑦ 과정 1. 먼저 Pearson correlation을 통해 p-value를 얻어 colocalization있는지를 검정

⑧ 과정 2. colocalization이 있다면 tM1, tM2 값을 계산

⑨ 사용법 : ImageJ

⑼ 종류 9. 자카드 유사도(Jaccard similarity, IoU, intersection over union)

① 자카드 스코어 : 두 집합 A, B에 대하여,

 

 

② 0과 1사이의 값을 가짐 : 두 집합이 동일하면 1의 값, 공통의 원소가 하나도 없으면 0의 값을 가짐

③ 명목형 변수 거리에 사용되는 방법

⑽ 종류 10. 코사인 유사도(cosine similarity)

① 코사인 값 : 두 벡터 A, B에 대하여, 

 

 

⑾ 종류 11. 유클리드 유사도(Euclidean similarity)

① 유클리드 거리 : 두 벡터 A, B에 대하여,

 

 

⑿ 종류 12. coverage score

① 두 집합 A, B에 대하여,

 

 

⒀ 종류 13. Fisher 정확 검정(Fisher exact test)

① 두 집합 A, B에 대하여, 

 

 

⒁ 종류 14. Faiss : 2023년 Meta에서 개발한 유사도 평가 함수

⒂ 종류 15. Smith–Waterman similarity : 핵산 혹은 아미노산 서열 간 유사성 평가 시 사용

 

입력: 2022.08.02 16:03

수정: 2023.08.23 14:28